Herramientas computacionales innovadoras brindan nuevos conocimientos sobre el genoma poliploide del trigo

Una nueva revisión dirigida por el profesor asociado Weilong Guo (Facultad de Agronomía y Biotecnología, Universidad Agrícola de China, Beijing, China) explora el genoma poliploide del trigo a través de nuevas herramientas computacionales. La búsqueda es Publicado en el diario aBIOTECNOLOGÍA.

El trigo harinero es alohexaploide y su genoma mide aproximadamente 16 Gb, uno de los genomas más grandes en cultivos. El análisis de datos genómicos tan masivos, como la identificación de variaciones genéticas y la comprensión de las funciones de los genes, requiere altos costos, así como herramientas computacionales sólidas y eficientes.

Además, la poliploidización, las variantes genómicas frecuentes y los recursos genómicos intrincados limitan aún más el estudio de la genómica funcional del trigo. Estos desafíos requieren el diseño y desarrollo de nuevas herramientas computacionales para abordar genomas complejos.

Centrándose en las características y desafíos únicos del genoma poliploide del trigo y diseccionando datos de múltiples niveles ómicos, los investigadores han desarrollado recientemente una serie de herramientas genómicas para desentrañar la variación genómica y la función de los genes. Se desarrollaron bases de datos genómicas o servidores web para que los usuarios pudieran acceder cómodamente a estos datos sin programación.

Además, se proporciona una serie de ejemplos paso a paso para ilustrar cómo se pueden utilizar estas herramientas o bases de datos para diseccionar recursos de germoplasma de trigo y revelar genes funcionales y regulaciones asociadas con rasgos agronómicos importantes. Las canalizaciones y comandos para los ejemplos paso a paso están disponibles en http://wheat.cau.edu.cn/resources/tutorial.html.

La revisión también analiza posibles innovaciones futuras en el diseño de algoritmos genómicos, el desarrollo de herramientas y la creación de una base de datos para cultivos con genomas complejos, en términos de variación genómica, evolución genética, regulación genética, plasticidad poliploide y mejora genética por diseño. El uso de herramientas y bases de datos eficientes y de alto rendimiento impulsará una transformación en las tecnologías de mejoramiento del trigo, mejorando así el desarrollo de variedades superiores de trigo para satisfacer la creciente demanda de alimentos de la creciente población en condiciones climáticas cambiantes.