Omicron: La carrera ha comenzado para rastrear la nueva variante Covid-19

Por Alistair Smout, Francesco Guarascio y Chen Lin para Reuters

Los gobiernos de todo el mundo están buscando en bases de datos casos recientes de infecciones por Covid-19, rastreando a los viajeros y decodificando los genomas virales de la nueva variante mientras intentan medir hasta dónde se ha propagado.

El ritmo de trabajo destaca la presión sobre los gobiernos y los funcionarios de salud pública para que decidan rápidamente si deben tomar medidas impopulares y económicamente dañinas para frenar la propagación de Omicron.

Los datos muestran que circuló antes de que se identificara oficialmente en el sur de África la semana pasada y desde entonces se ha detectado en más de una docena de países. El trabajo para establecer si es más infeccioso, mortal o evita las vacunas llevará semanas.

Gran Bretaña y otras economías importantes prohibieron los vuelos hacia y desde el sur de África pocos días después de que se detectara por primera vez la variante, lo que nubló los mercados financieros mundiales y generó preocupaciones sobre el daño económico.

La velocidad de acción contrasta drásticamente con la aparición de otras variantes: cuando las primeras muestras de la variante Alpha se documentaron en Gran Bretaña en septiembre de 2020, el gobierno pasó meses recopilando datos y evaluando su peligro potencial antes de imponer un bloqueo nacional en diciembre.

La Organización Mundial de la Salud (OMS) tardó meses en designarlo como una variante de preocupación: su nivel más alto.

Poco después de detectar su primer caso de Omicron el viernes, Israel anunció que compraría otros 10 millones de kits de PCR que pueden detectar la variante en un esfuerzo por frenar su propagación. Cerró sus fronteras a los extranjeros de todos los países el sábado.

Escocia y Singapur están luchando para verificar decenas de miles de casos positivos recientes en busca de signos de la variante que pueden haber pasado por alto, y Estados Unidos está mejorando su vigilancia de Covid-19 para distinguir los casos de variantes nacionales de Omicron del todavía dominante Delta.

El comisionado de salud de la Unión Europea instó a los estados miembros a intensificar los esfuerzos para detectar mutaciones, ya que algunas todavía están rezagadas casi dos años después del inicio de la pandemia.

El bloque ya ha confirmado 42 casos en 10 países.

«Algunos Estados miembros se están quedando considerablemente atrás en términos de esta dimensión crucial», dijo Stella Kyriakides en una carta presentada por Reuters a los ministros de salud de los 27 países de la UE.

«Ya enfrentamos un invierno desafiante debido a la alta transmisibilidad de la variante Delta (…), ahora podemos experimentar presiones adicionales o adicionales debido a la aparición de la variante Omicron», escribió.

Todo sobre el gen S

La mayoría de las pruebas de PCR no distinguen a Omicron de la variante Delta, la versión dominante y más infecciosa del virus hasta ahora.

Para distinguir Omicron de Delta, la prueba de PCR debe poder identificar una mutación en Omicron conocida como abandono del gen S o falla del objetivo del gen S (SGTF).

No es infalible porque la variante Alpha, identificada por primera vez en Gran Bretaña, también tiene esta mutación.

Dado que Alpha ya no circula ampliamente, la presencia del abandono del gen S sugiere que la muestra es positiva para Omicron y hace que el laboratorio envíe la muestra para la secuenciación del genoma para su confirmación.

Si las pruebas de PCR locales no pueden identificar esta mutación, las muestras de hisopos de PCR seleccionadas al azar deben someterse a la secuenciación del genoma, que puede tardar hasta una semana.

La OMS dijo que las pruebas ampliamente disponibles pueden detectar individuos infectados con cualquier variante, incluido Omicron.

Sin embargo, hasta ahora solo ha recomendado la prueba TaqPath producida por la empresa estadounidense Thermo Fisher como proxy.

No está claro si los países comprarán kits debido a la característica única de la prueba. Singapur está considerando comprar más, aunque aún no se ha tomado una decisión, dijo a Reuters Kenneth Mak, director de servicios médicos del Ministerio de Salud.

Thermo Fisher dijo que está preparado para aumentar la producción para satisfacer la demanda de países de África y otros lugares mientras trabajan para rastrear la propagación de la nueva variante.

Un día después de que se identificara la cepa, Israel comenzó a verificar el gen S en todas las pruebas positivas obtenidas de los viajeros que llegaban al aeropuerto principal de Ben Gurion, dijo la jefa de salud pública de Israel en el Ministerio de Salud, Sharon Alroy-Preis, al Parlamento en Domigo. .

Ahora sus laboratorios monitorean esta mutación en todas las pruebas en todo el país, y cuando una prueba de PCR positiva indica SGTF, la muestra se toma para una posterior secuenciación, dijo el Ministerio de Salud.

La mayoría de los laboratorios estadounidenses utilizarán la prueba TaqPath, dijo a Reuters Scott Becker, presidente ejecutivo de la Asociación de Laboratorios de Salud Pública (APHL), una red de laboratorios de salud pública estatales y locales.

Peculiaridades variantes

De las 150.000 pruebas positivas evaluadas hace un mes en Bélgica, 47 tenían abandono del gen S y alta carga viral. Solo uno de ellos fue Omicron, según Marc Van Rast, uno de los virólogos que analizó las muestras.

Las autoridades escocesas han realizado hisopos desde el 1 de noviembre para ayudar a descubrir nueve casos de Omicron, todos relacionados con el mismo evento.

Descubrieron que alrededor del 16 de noviembre, la falla en el objetivo del gen S comenzó a aparecer en las pruebas nuevamente, una semana antes de que Sudáfrica y Botswana identificaran la nueva variante. Esta característica ayudó a impulsar la secuenciación genómica, como lo hizo cuando apareció Alpha.

«Esa es una de las peculiaridades de esta variante en particular que podemos usar a nuestro favor», dijo Gregor Smith, director médico de Escocia, el lunes.

Eso significa que el gobierno puede comenzar a estimar qué tan prevalente podría ser la nueva variante, identificar a las personas que pueden necesitar ser reexaminadas y qué muestras deben priorizarse para una mayor decodificación de laboratorio, dijo Smith.

«Es el mejor método que tenemos para identificar casos en este momento».

– Reuters